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ライフサイエンス営業部

mRNA/DNA・タンパク質の高速アライメント

BLAT
The BLAST-like Alignment Tool.
-mRNA/DNA・タンパク質の高速アライメント

脊椎動物ゲノムの分析は、迅速なmRNA/DNAおよび異種間の蛋白質アライメント技術を必要としています。新しいツールであるBLATは、より正確で、なおかつmRNA/DNAアライメントに使用されてきたポピュラーな既存のツールより500倍速く、脊椎動物のシーケンスを比較するときに使用される蛋白質アライメントにおいては、一般的な感度設定であれば50倍の速度を実現します。
BLATは、データベース中のオーバーラップしていないすべてのK-mersのインデックスをメモリー上に配置することにより、高速化を実現しています。このインデックスは、コンピュータのRAM上に常駐していますので、各ゲノムのアッセンブル毎に一度計算するだけになっています。
BLATはいくつかのステップにより解析を行います。クエリー配列と相同であると見られるゲノムに対する部位を見つけるためにインデックスを使用し、そのインデックスでは相同性を持つ部位間のアライメントを実行します。その後、それらはより大きなアライメントを作成するために(一般的には遺伝子)、アライメントした部位(一般的にはエクソン)を繋ぎ合わせます。それにより、BLATは初期段階で見落とされた小さな内部エクソンを再度検索します。そして、実現可能な正確なスプライシング部位を所有する大きなギャップの境界を調整する、というアルゴリズムで機能します。


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