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「ArrayStar」がdigital gene expression解析に対応

ライフサイエンス営業部

ニュースリリース

プレスリリース:2009年3月19日

マイクロアレイ遺伝子発現解析ソフトウエア
「ArrayStar」がdigital gene expression解析に対応

GeneChip コンパチブル マイクロアレイ遺伝子発現解析ソフトウエア「ArrayStar」が、次世代シークエンサーデータを用いた、digital gene expression、RNA-Seq解析に対応して、「ArrayStar 3」にヴァージョンアップされました。

安価で使いやすく機能も十分と御好評頂いております米国DNASTAR社製マイクロアレイ遺伝子発現解析ソフト「ArrayStar」が大変身し、使いやすさはそのままに、次世代シークエンサーデータのRNA-Seq対応モジュール「QSeq」を搭載して、商用ソフトとしては世界初となるdigital gene expressionをはじめとしたトランスクリプトーム解析を可能にしました。
現状での対応プラットフォームは、Illumina、454、及びHelicosです。
referenceとしても、GenBankファイルをはじめ、ABI等のシークエンスファイルやPhredファイルなど多様な形式に対応します。

また、マイクロアレイの従来のAffymetrix GeneChipとNimbleGen完全対応に加えて、Illuminaの「BeadStudio」からの出力取り込みや、待望のAgilentの「Future Extraction」出力、さらには汎用マイクロアレイスキャナー「GenePix」の出力取り込みにも対応しました。

さらに発現解析の下流解析の充実のため、「Gene Ontology View」を新設してGOのtermによるカテゴリー解析を可能にしました。

「ArrayStar 3」の新機能
  • オプションの「QSeq」モジュールは、mRNA(cDNA)の次世代シークエンサーでのシークエンス出力の特定のリードをカウントしてノーマライズした後、アレイのインテンシティに相当する値に変換して「ArrayStar」に入力することにより、digital gene expression解析をアレイライクな感覚で手軽に実現します。
    digital gene expressionの持つワイドなダイナミックレンジにより、これまでは見逃されてきた豊富な低発現遺伝子に関する情報と発現プロフィールを得ることが出来るばかりでなく、「新規な転写産物の検出とマッピング」、「スプライシングヴァリアントの検出」、「転写産物の定量」も可能になります。


  • 現状のGene Ontology によるフィルトレーションとGOデータベースへのダイレクトリンクに加え、「Gene Ontology View」の新設や、Z-Scoreの導入など、GO関係機能がさらに充実され、選択遺伝子の特定の生物学的機能との関連性とその信頼度を推定することが容易になりました。


  • 発現値を比較する際、特定の実験条件によるバイアスを除くために、各種の方法で事前にデータを是正することが可能になりました。


  • Illumina(アレイ)、Agilent、GenePix出力取り込みに対応しました。


  • ヒートマップの性能を向上させました。


  • ノーマライズ方法として、従来の、RMA、PLIER、Averaging Summarizationに加え、Quantile Normalizationを追加しました。


  • 新たに、ネットワークライセンス形態での販売を導入しました。

対応PCは、WindowsXP および Vistaです。
ArrayStar:http://netwell.co.jp/life-science/software/arraystar.html
その他、御質問、価格などにつきましては下記までお気軽にお尋ね下さい。



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