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ライフサイエンス営業部

糖鎖&糖ペプチド構造解析

SimGlycan® (シムグリカン)
SimGlycan®

SimGlycan®は、MS/MS、MSnで得られたデータから糖鎖と糖ペプチドの構造を予測します。
SimGlycan®は実験データプロファイルを独自のデータベースと照らし合わせ、強力なアルゴリズムによって算出されたスコアをもとに、候補となる構造リストを作成します。また、LC-MS/MSから得られた糖ペプチドに関するデータを様々な関連情報と共に包括的に解析することによって、糖鎖修飾研究をより容易に行うことができます。

糖鎖および糖ペプチを含む豊富な情報を備えたデータベース
SimGlycan®の堅牢な独自データベースには、以下の情報が含まれます。
(逐次増強予定)
  • 22,456種の糖鎖
  • 22814種の糖タンパク質
  • 生物学的由来の知られている11,438種の糖鎖
  • クラスが知られている11,918種の糖鎖
  • 263種の生化学的反応
  • 194種の生化学的パスウェイ
  • 250種の糖に関係する酵素
  • 521種の他のデータベースへのリンク(CarbBank, Glycome db, JCGGDB など)
高精度なランキングメカニズム
構造が一致する可能性のある糖鎖および糖タンパク質は、独自のサーチ&スコアメカニズムですべてスコア化、およびランキング化されます。
ランキングメカニズムは、実験で得られた糖鎖の組成と枝分かれパターン特性がデータベース上の糖鎖とどの程度近いかを、以下の情報をもとに近接スコア計算法に基づいて数値化します。
  • プレカーサーイオンのm/z
  • プレカーサーイオンの帯電状態
  • プレカーサーイオンm/zの許容誤差
  • スペクトルピークm/zの許容誤差 (Da)
  • 糖鎖誘導体
  • 還元末端
  • イオンモード
  • 付加イオン
  • プロダクトイオンの荷電状態
  • フラグメンテーションパターン

高精度なランキングメカニズム

スムーズな理解を助けるスペクトル表示形式
SimGlycan®は、プロットされたスペクトルの理解を助けるために、様々な表示形式を備えています。
  • 論理的フラグメントにマッチしたm/z値のハイライト化
  • スペクトルへのアノテーション方法が選択可能
  • アノテーションされたスペクトルを表示画面や興味のある部分に合わせて見やすく拡大・縮小可能
  • 見やすい形式で表示されたスペクトルを、第三者と共有しやすいように、イメージファイル(JPEG、PNG)として出力可能

スムーズな理解を助けるスペクトル表示形式

ユーザーによる糖鎖および糖ペプチド構造描画機能
描画した構造にさまざまな修飾を施しながら、実験フラグメントデータと論理フラグメントデータを互いに比較することができます。ご興味の糖鎖に関するデータ情報が得られていないときなど、描画した構造と実験データの構造がどの程度の近いか見極めるのに大きな助けとなります。
  • 単糖やペプチド鎖 、HSO3やEtnのような置換基を容易に付加・除去が可能
  • 枝分かれ部位やアノマーの結合型を簡単な操作で作成可能
  • 実験プロファイルとの比較
  • 描画した糖鎖の類似構造をデータベース内で検索

ユーザーによる糖鎖および糖ペプチド構造描画機能

ハイスループット分析/多段階質量分析に対応
SimGlycan®は質量分析分野の急速な進展に合わせ、ハイスループット分析および多段階質量分析データ解析に対応しています。
  • LC-MS/MSから得られた1000スキャンをバッチモードで解析可能
  • 事前に設計した探索パラメーターのテンプレートを全てのデータセットに対して適用可能
  • 1 ppmまたは0.1 mDaまでの許容誤差で、HRMSデータに対する糖鎖&糖ペプチド構造探索が可能
  • MS/MS, MS3, MS4, ...MSnのピ-クリストデータを含むプロファイルをアップロード可能
  • MS/MSデータから現段階のMSレベルまでの一連のワークフローをhtmlまたはcsvフォーマットで表示可能

ハイスループット分析/多段階質量分析に対応

糖ペプチド分析のための便利なアプリケーション
SimGlycan®は遊離糖鎖だけではなく、ペプチドに結合した状態の糖鎖構造を包括的にプロファイリングするために、3つの機能をご用意しています。
  • 構造表示の際、ペプチド配列、糖鎖結合部位などの情報を反映できる「Search and Score Glycans with known peptide」
  • プレカーサーイオンのm/z値およびMS実験条件をインプットして、全く未知の糖ペプチド構造の候補を探索できる「Glycopeptide Mass Fingerprinting」
  • SEQUESTやMASCOTなどのサードパーティツールを用いて同定されたタンパク質IDやペプチド・タンパク質の配列を初期データとして導入することにより、候補となる糖ペプチド構造を探すことができる「Glycopeptide Qualitative Analysis」

糖ペプチド分析のための便利なアプリケーション

セキュアな環境で使用できる企業向け 「SimGlycan Enterprise Edition」

情報の機密性と高いセキュリティが要求される企業向けに、SimGlycanのデータベースを手元のPC内に設置できる SimGlycan Enterprise Editionも用意しています。
データベースへのアクセスに、インターネット接続を必要としないので、高い機密性が確保できます。
また、SimGlycan Enterprise Editionでは、新規構造を手元のデータベースに登録して、ユーザー自身の新規データベースを構築していただくこともできます。

その他の特長
  • 1プロジェクトあたり20,000スペクトルの実験プロファイル登録が可能で、1ラン当たり1,000スペクトルのデータが解析可能。
  • ABI Sciex社のTripleTOF™ 5600 System, TOF/TOF 5800, 4800 Plus MALDI TOF/TOF™ Analyzer, 4000 QTRAP®, QSTAR® Elite Systemに対応。
  • Bruker Daltonics社のultrafleXtreme™ MALDI TOF/ TOF, ultraflex™ MALDI TOF/TOF, autoflex™ TOF & TOF/TOF, maXis™ UHR-TOF, micrOTOF™, micrOTOF-Q™, solariX™ Qq-FTMS & amaZon™ ion trap seriesに対応。
  • Thermo Scientific社のLTQ FT Ultra, LTQ Velos Dual-Pressure Ion Trap, LTQ XL Linear Ion Trap, LTQ Orbitrap Discovery, LTQ Orbitrap Velos, LTQ Orbitrap XL, LTQ Orbitrap XL ETD, MALDI LTQ Orbitrapに対応。
  • Waters社SYNAPT G2 HDMS, SYNAPT G2 MS, Xevo G2 QTof, Xevo QTof MS, Xevo TQ MS, XevoTQ-S platformに対応。
  • 標準出力フォーマット(mzXML & mzData)に加えて、.txt, xlsにも対応。
  • H, Li, Na, Mg, K に加え、Na+H, Li+Hなどの複数の付加イオンにも対応。
  • 予測される構造特性を設定することによって、探索精度を上げることが可能。
  • 多価イオンから生成したMS/MSデータに対応。
  • 定期的に最新の追加情報をデータベースへアップデート。
  • グリコシドおよびクロスリングフラグメントを含めた豊富な関連情報を伴う糖鎖構造が表示可能。

システム環境

Windows® 最小スペック 推奨スペック
CPU Intel Core i3 Intel Core i5 / i7
RAM 12 GB 12 GB 以上
ハードディスクスペース 200 GB 500 GB以上
スクリーン解像度 1024 x 768 1024 x 768 以上

プラットフォーム: Vista/Windows 7/Windows 8/Windows10 [32bit および 64bit]

試用版ソフトのお申込

※米国メーカーのダウンロードページが表示されます。右上のGet a Free Keyをクリックしていただき必要事項をご記入下さい。
Key コードを入手後、ダウンロードページにて該当製品をダウンロードして下さい。この試用版ソフトはインストール後、フル機能で30日間お使い頂けます。

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※米国メーカーのページが表示されます。

お問い合わせ

株式会社ネットウエル ライフサイエンス営業部
TEL:03-5368-3459
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